Не только 16 и 17, но и 15. А 17 на вокзал ходит временно, на период ремонта моста над ЖД.

У троллейбуса регистрационный номер(BNA 717) как у автобусов и автомобилей, их что регистрируют в Литовском ГАИ как автомобили?

Они не в ГАИ регистрируют. Для регистрации у них отдельная организация. Но да, троллейбусы, автобусы и легковой транспорт в Литве, в одном регистре. В Латвии не так. Но идея такая-же. В ДБДД регистрируются машины и выдаются водительские удостоверения, а штрафует (и отбирает "права") полиция, причём, между собой эти организации не связаны (разве что используют общие базы данных).