Я думал он работает только на 9, хотя нет. Вчера был замечен на 1.

До КВР он был под номером 080 (В 2005-2006гг на стекле просматривался стертый старый борт.номер)

Кстати, года КВР у 080 и 1116 совпадают. Может так и было. Посмотрим, что скажет Виталик.

А зачем после КВР делали перенумерацию?

Скорее всего, чтобы продлить жизнь тем троллейбусам, которым по нормативу работать еще долго, а состояние не позволяло.
То есть в этом случае, к примеру, могло быть так:
старому 080, состояние которого было еще ничего, сделали КВР (с небольшим объемом работ) и перенумеровали в 1116, а старый 1116 (состояние которого было плохое и стоимость КВР было много больше, чем стоимость КВР "родного" 080) списали как 080.
Наверно где-то так

Есть ещё вариант, что просто вставили стекло от ранее списанной машины.

Вряд ли,раз эта машина прошла КВР,то стекло бы вставили чистое,а не поцарапанное.