71-407 когда-нибудь выходили на маршруты 2, 11 и 21?

Насколько мне известно, официально не выходили. Если только во время каких-нибудь оперативных изменений маршрутов.

с чем это связано?

С тем, что вагоны низкопольные и их в ЗТД всего 5 штук. Поэтому они работают на маршрутах, обслуживающих СМР (3, 7) и ЮМР (6), где низкопольники ВТД не появляются по понятным причинам. Короче, чтобы жители Славянского и Юбилейного имели возможность пользоваться низкопольным транспортом.