Всегда было интересно, почему именно в таком порядке соединяют системы во 2 депо!? а точнее в непонятном мне "беспорядке"....

Перефразируя известную песню:"Депо СМЕ слепило из того, что было. А потом, что было, то в рейс и пустило" ;)

В депо когда-то была потребность в большом количестве систем. Вновь прибывшие вагоны сцепляли в СМЕ по порядку номеров. Какие-то системы передавали в пятое депо. В конце концов некоторые СМЕ сформировали из одиночных вагонов, побывавших в эксплуатации по несколько лет. Все они ездили по-разному. Для формирования систем подбирались вагоны с примерно одинаковым диаметром колес и пробегом. Вот и получились некоторые СМЕ с номерами вразброс. В пятом депо таких случаев намного меньше: новые вагоны шли туда долго, поэтому и системы там в большинстве "попорядочные". Хотя, было дело, новье поначалу сцепляли вразброс (н-р, СМЕ 5731-5738). СМЕ 5720+5718 пришла из второго депо в виде 2728+2726.
СМЕ 5735+5742 была сформирована из головного вагона СМЕ 5735+5736 (видимо, попадал в ДТП, ибо зад не родной) и подходящей одиночки, коей и оказался вагон 5742.
Еще бывало и так, что в процессе эксплуатации "попорядочных" систем мог быть утрачен тот или иной борт (ДТП, пожар...) или передан в другое депо, и из освободившихся одиночек формировали новые СМЕ. Например, 5785+5780 сформирована из бывших вагонов систем 5779+5780 и 5785+5786 (5779 разбит в ДТП, 5786 сгорел), а система 5804+5800 - из 5803+5804 и 5799+5800 (5803 также сгорел, а 5799 передан во второе депо).

Но все равно непонятно, почему некоторые системы сцеплены попорядочно, но по убыванию. Единственный известный мне обоснованный случай - СМЕ 2653+2652: там имел место разрыв сцепки с повреждением розеток под СМЕ, заменить на тот момент было нечем, в итоге поменяли вагоны местами.

Так Вы сами ответили на свой вопрос :). Есть вагоны 1 и 2, их сцепили в СМЕ 1+2, а они не работают нормально и все! По разным причинам. Внезапно оказалось, что в варианте 2+1 все прекрасно работает. А раз так, что проще - эксплуатировать 2+1 или перебирать вагоны до потрохов, чтоб понять, отчего же не фурычит система 1+2? Есть поговорка "не трогай то, что работает".