Работает сейчас на 56.
Причем если верить глонассу, то утреннюю смену (6:35-13:12) он работал на 60 и с 13:15 на 56.

Нет. В утро он на 60 был, дальше в парк ушел и в 16:20 вышел на замену на 56/3

А парковый рейс Северная Верфь-парк автоматически привязался к 56 из-за "похожести".

Почти. Просто получился рейс Северная верфь - парк - Казакова. Он и привязался.

А то, что на этом рейсе "перерыв" в парке 3 часа (а парк не на трассе маршрута), Портал игнорирует?

АСУ ГПТ не понимает таких слов, как "перерыв" и "парк". Для него есть трек, который содержит почти 100% трассы 56 маршрута, что и послужило причиной регистрации этого рейса. Аналогично фиксируются рейсы по ТМ48, если вагон шел по 20 или 38 и по ходу с севера заехал в 3 парк, а на вечер выехал на 19. Вся цепочка Выборгская-3 парк-мосты-Старая Деревня-Лахта засчитается как 1 рейс по 48.

Как мне кажется, понятие "парк" должно быть.
Если вагон заехал в парк - рейс не считается (история "обнуляется"). Тогда липовых рейсов не будет видно.