Там автовокзал раньше был?!

Да. Таможня забрала это здание в начале 1990-х годов.
Недавно же у нас в ВК была подборка фотографий по этой теме.

Таможне же там находиться куда более нужнее, чем автовокзалу.

Судя по старым фотографиям и современному состоянию внутреннего двора таможни, там сейчас было бы тесно. И нынешний автовокзал расположен и организован более оптимально, междугородние автобусы никому особо не мешают.

Зато в плане пассажирских залов старое здание было просторнее существующего, явно переделанного из жилого или конторского.

Здание сильно похоже на харьковский автовокзал на Гагарина. Видимо типовой проект.