Бортовые номера всем без исключения троллейбусам присваивают в соответсвии с госномерами?

Это скорее всего наоборот, гос номер идет от бортового

С исключениями, но долго обьяснять что к чему.

Не так уж долго :-) В случае основной серии троллейбусных номеров - 401-718 - все госы согласные бортовым кроме 444,555,666. В серии 101-136 (б/у 14Тр приобретенные с 2004 г.) согласования нету.
Причем большинство машин этой серии (+ тралики 444,555,666) тоже имеют госы BNA 4xx-7xx, которых не было уже к чему привязывать из-за списания троллейбуса с таким же номером (примерно машину 601 списали – номер BNA 601 получил троллейбус 101)

Могли зделать спецальную серию как в Таллинне для автобусов серия ТАК. так и тут можно TRV для Вильнюса а TRK для Каунаса.