На некоторых троллейбусах заметил объявление, согласно которому, перевозчиком является МУП "ИПТ". Это ТТУ теперь так называется или какой-то новый перевозчик?

Название МУП "Пассажирский транспорт" встречалось ещё 2006 году. Т.е. они существуют параллельно. Но как друг с другом связаны не понятно. Адрес ИПТ: пр. Энгельса, 116 (т.е. трамвайный парк), но бумажки с надписью МУП ИПТ видел и на троллейбусах из троллейбусного парка.

А связаны они очень просто - у них общий хозяин.

Ну так-то все МУПы связаны.

В конце мая 2009 года ТТУ переименовано в ИПТ.

Если б было переименовано, то было бы всё просто. Вот эта информация http://www.gde24.ru/company/card/BgFuY5xv9tgdSbEIgU4LzLOk/ размещена 20.12.2008. Там даже трамваи упоминаются.
Вот статья в газете "Частник" от 26.10.2006 http://www.chastnik.ru/info.html?section=11&id=18065&module=6
Я думаю ИПТ появилось, когда первые муниципальные ПАЗики пришли, т.е. в 2005 году. Скорее всего троллейбусы с баланса ТТУ перевели на баланс ИПТ и теперь перевозчиком является ИПТ.